Το μουσείο περιλαμβάνει (2) δυο αίθουσες με (10) δέκα προθήκες που η κάθε μια αποτελείτε από τα παρακάτω ευρήματα.
ΑΙΘΟΥΣΑ 1
ΠΡΟΘΗΚΗ 1: Περιλαμβάνει δείγματα κεραμικής περιόδου (2900-1900 π.χ) Τα αγγεία είναι από πηλό, χειροποίητα, ακόσμητα με λεπτό επίχρισμα.
ΠΡΟΘΗΚΗ 2: Περιλαμβάνει αγγεία της τελευταίας φάσης της μυκηναϊκής περιόδου.
ΠΡΟΘΗΚΗ 3: Περιλαμβάνει πρωτογεωμετρική κεραμική (11ος –9ος αι. π.χ) κυρίως από τις θέσεις Θέμις και Μαγαζιά.
Ενδιαφέρον έχουν τα ερυθρά και τεφρά αγγεία που εφαρμόζεται συνήθως σε υψηλά μόνωτα ποτήρια με κυματοειδές γραμμές που είναι γνωστά εκτός από τη Σκύρο και από το Λευκαντί στην Εύβοια.
ΠΡΟΘΗΚΗ 4: Περιλαμβάνει αντικείμενα και κεραμική πρωτογεωμετρικής περιόδου (950-800 π.χ).
ΠΡΟΘΗΚΗ 5: Περιλαμβάνει επίσης πρωτογεωμετρική κεραμική, με προέλευση { Σκύρου } και από τον τάφο ΙΙ στα Μαγαζιά των ανασκαφών του Φ. Σταυρόπουλου.
ΠΡΟΘΗΚΗ 6: Η τελευταία προθήκη της αίθουσας 1 περιλαμβάνει πρωτογεωμετρική και γεωμετρική κεραμική από την { Σκύρο }, πιθανόν το Κάστρο, από τα Μαγαζιά και από τις ανασκαφές του Ι. Παπαδημητρίου το 1935 στη Θέμι, και από τις θέσεις Αγαλίνι, Απατσίνι ( σημ. θέση Γηροκομείου ).ΑΙΘΟΥΣΑ 2
ΠΡΟΘΗΚΗ 7: Περιλαμβάνει επίσης πρωτογεωμετρική και γεωμετρικής κεραμική με κεντρικό θέμα ένα φλασκί από τον τάφο ΙV της παλαιάς ανασκαφής στα Μαγαζιά.
ΠΡΟΘΗΚΗ 8: Περιλαμβάνει αντικείμενα από την θέση Αγ. Άννα και από την θέση Αγ. Αικατερίνη (Μαγαζιά).
ΠΡΟΘΗΚΗ 9: Περιλαμβάνει αντικείμενα από τον (8ο-7ο αι. π.χ ) αν και μερικά εξαιρετικά δείγματα κεραμικής της περιόδου υπάρχουν σε ιδιωτικές συλλογές (Ανδρεάδη) η σε ξένα μουσεία (Βερολίνο).
Ωστόσο, τα πλούσια ευρήματα στην περιοχή του κάμπου – Χωράφας δείχνουν όχι μόνο ότι η αρχαϊκή υπήρξε μια σημαντική περίοδος, αλλά κατέδειξε ότι η Σκύρος είχε αναπτύξει δυναμικά σχέσεις με άλλες περιοχές, όπως η Αττική, η Κόρινθος, η Ανατολή και η Αίγυπτος στην περίοδο αυτή.
ΠΡΟΘΗΚΗ 10: Περιλαμβάνει ευρήματα που χρονολογούνται από την κλασική περίοδο μέχρι και τα ρωμαϊκά χρόνια.